BIOGRALE 2008

La réunion "BIOinformatique à GRAnde échelLE - BIOGRALE 2008", organisée par le groupe de travail RENABI GRISBI ("Grille, Support pour la Bioinformatique") aura lieu les 6-7 novembre 2008 à l’Institut de Biologie et Chimie des Protéines (IBCP) à Lyon.

Depuis maintenant plusieurs années, la Biologie fait face à une accumulation de données bouleversant tous les usages. Ainsi les études les plus courantes en Bioinformatique ont évolué vers une plus grande échelle, passant par exemple de l’analyse d’un(e) seul(e) gène/protéine à l’étude d’un génome/protéome, d’un seul mécanisme au sein d’un organisme vers la biologie des systèmes.

La Bioinformatique requiert maintenant des infrastructures de recherches permettant le stockage de grandes quantités de données complexes et hétérogène et le calcul massif pour leur analyse. Dans ce contexte nous pouvons tirer un avantage certain des nouveaux développements en informatique du calcul intensif et du stockage massif: cluster de calcul, grille de calcul et de données, architectrue dédiée (FPGA, GPU, Cell), ... Ces infrastructures informatiques distribuées ou à haute performance permettent d’intégrer les outils existants pour l’analyse de données massives, et leur mise à disposition de la communauté plus efficacement et de manière plus transparente (portail, web services, workflow, ...).

Cependant, quelles infrastructure de recherches sont disponibles actuellement en France pour la Bioinformatique à grande échelle ? Quels verrous en Biologie/Bioinformatique pourraient être levés avec de telles infrastructures si leur utilisation était simple ?

* Thèmes de la réunion

Les problématiques biologiques en rapport avec une infrastructure de recherche bioinformatique à grande échelle sont nombreuses. La réunion BIOGRALE s’articulera autour des thèmes suivants et des besoins bioinformatiques concernant l’intégration des données et l’interopérabilité, l’intégration des outils, et leurs rapports avec une plateforme informatique à large échelle ou d’architecture matérielle dédiée (FPGA, GPU, Cell, ...). Les thèmes principaux sont donc les suivants, sans être limités à :
  Génomique comparative/Annotation de génomes
  Maladies génétiques, régulation des gènes
  Réseaux métaboliques
  Reconnaissance moléculaire
  Repliement moléculaire
  Protéomique
  Evolution, phylogénie, biodiversité

Et les domaines émergents:
  Séquençage à haut débit
  Métagénomes
  Biologie des Systèmes
  e-Cell : assemblages moléculaires complexes, modélisation de la cellule, ...

* PROGRAMME

6 novembre 2008, 9h30-18h00 : initiatives bioinformatiques nationales
  Groupe RENABI GRISBI "Grille, Support pour la Bioinformatique"
  Projet BIOMAJ "Gestion des données en Biologie"
  Projet BIOWORKFLOW "Gestion des traitements distribués en Biologie"
  projet ELIXIR, ESFRI EU-FP7
  Retours d’expériences au sein des plateformes RENABI
  Exposés scientifiques sur les thèmes de la réunion
  Présentations sélectionnées sur l’appel à participation

7 novembre 2008, 9h00-12h30 : Présentation des infrastructures informatiques et des concepts associés
  Grille de production
  Calcul intensif
  Architectures de calcul spécialisées (GPU, FPGA)
  Présentation de réalisations industrielles en Bioinformatique autour des thèmes de la réunion

* Appel à présentation

Nous invitons la soumission de présentations d’expériences et de réalisations autour des thèmes de la réunion. Vos propositions de présentations orales (titre + résumé de 20 lignes) doivent être envoyées ** avant le 18 octobre 2008 ** à biograle2008@ibcp.fr

* Comité de Programme
  Christophe CARON
  Olivier COLLIN
  Antoine de DARUVAR
  Gael EVEN
  Hugues LEROY
  Tiphaine MARTIN
  Claudine MEDIGUE
  Frédéric PLEWNIAK
  Bruno SPATARO
  Christophe BLANCHET

* Comité local d’organisation
  Christelle ELOTO
  Alexis MICHON
  Christine RIVIERE
  Christophe BLANCHET

* Inscription

FICHE D’INSCRIPTION à BIOGRALE 2008, 6-7 novembre 2008, IBCP, Lyon: La participation est gratuite mais l’inscription est obligatoire avant le 25 octobre 2008

Souhaite participer à cette journée
  Civilité (Mme, M., Pr., Dr):
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  Statut (chercheur, ens.-chercheur, étudiant, etc.) :
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  Centres d’interet (sur les thèmes de la réunion):
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