L’université Joseph Fourier, le CEA Grenoble et l’INRIA Rhône-Alpes organisent conjointement des sessions de formation en bioinformatique destinées aux chercheurs et ingénieurs amenés, au sein des laboratoires publics et des entreprises, à gérer et à analyser des données biologiques.

Comme en 2005, trois sessions sont proposées en 2006 :
  Gestion et analyse des données génomiques sous Unix : 9-12 janvier 2006

Durée : 4 Jours du lundi au jeudi
Programme

• Introduction au système Unix. Unix comme système d’exploitation, les différents environnements utilisateurs, le système de fichier, les commandes de base et l’accès au réseau.
• Les expressions régulières. Elles sont à la base de beaucoup de système de traitement automatique de données sous Unix. Ce cours présentera leur utilisation dans le cadre du traitement des données biologiques.
• Programmation de scripts en Python. Ce langage de programmation, simple à appréhender, permet d’écrire rapidement de petits programmes permettant l’extraction automatique de données à partir de fichiers ou le reformatage de fichiers. Il permet aussi de programmer le lancement automatique d’une série d’analyses utile à la mise en place d’une chaine de traitement des données. Nous aborderons, entre autres, la notion de variable, le traitement conditionnel et l’accès automatique aux ressources Web.

Les cours ont lieu le matin, les après midi sont consacrés à une mise en pratique des connaissances acquises.

  Bases de données et de connaissances - modélisation et opérationalisation : mars/avril 2006

Durée : 5 Jours sur une semaine pleine
Programme :

• Introduction à la modélisation en biologie
• Modélisation des connaissances et UML
• Modélisation des connaissances et modèle relationnel
• Le langage de requêtes SQL
• Le langage SQL Gestion des événements et cohérence de la base

Les cours ont lieu le matin, les après midi sont consacrés à une mise en pratique des connaissances acquises.

  Analyse de séquences : juin 2006

Durée : 5 Jours sur une semaine pleine
Programme :

• Introduction à Unix, Gérer ses fichiers de données, Les expressions régulières
• Alignements de séquences : Notion de scores, Matrice de similarité d’AA, Alignements de séquences 2 à 2
• Recherche dans les banques par similarités de séquences: FASTA, BLAST 1 et 2
• Recherche de motifs simple
• Identification des régions codantes dans les génomes bactériens.
• Identification des génes dans les génomes eucaryotes.

Les cours ont lieu le matin, les après midi sont consacrés à une mise en pratique des connaissances acquises.

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